Nội dung phim Nữ Sinh Quyến Rũ xoay quanh câu chuyện tình ngang trái giữa giáo viên thể dục Jun Gi và nữ sinh trung học Yeong Eun. Mặc dù đã có vợ nhưng với nét điển trai nam tính và sự ga lăng của mình, Jun Gi vẫn được rất nhiều nữ sinh thầm thương trộm nhớ, trong đó có Yeong Eun, một cô gái xinh đẹp và táo bạo. Nhận thấy cô học trò của mình của những điểm đặc biệt nên Jun Gi cố ý tiếp cận cô và 2 người nhanh chóng thân thiết. Vào một buổi tối, 2 thầy trò ở lại lớp học tránh mưa và màn đêm dần dần buông xuống, ý chí không thể chống lại được cảm xúc, rồi việc gì đến cũng đã đến. Tuy nhiên, đúng lúc cao trào nhất thì bảo vệ đi ngang qua, Jun Gi phải gì chặt Yeong Eun xuống đất và khiến cô bất tỉnh. Thầy giáo quá sợ hãi mà bỏ đi, để lại cô học trò ở lại 1 mình.
Khi vừa trở về được 1 lúc, Jun Gi quyết định quay lại để tìm Yeong Eun nhưng không thấy cô bé ở đó. Sáng hôm sau, mọi thứ vẫn như bình thường, Yeong Eun vẫn đến trường nhưng cô trách móc thầy giáo vì sao lại bỏ mình ở lại. Từ hôm đó, cô bé công khai thể hiện cảm xúc của mình đối với anh, còn Jun Gi muốn kết thúc mối quan hệ bí mật này vì sợ mọi chuyện sẽ sớm bị bại lộ. Tuy nhiên, Yeong Eun không thể chấp nhận điều này, với suy nghĩ còn quá ngây thơ và dại dột của một đứa trẻ mới lớn, cô bé còn tìm đến tận nhà của thầy giáo để kết bạn với vợ của anh, người phụ nữ đang mang bầu. Liệu mọi chuyện rồi sẽ ra sao, Jun Gi làm thế nào để xử lý mọi rắc rối chính mình gây ra?